Según cuenta el cronista Pedro Sarmiento de Gamboa, cuando Manco Capac y su familia, fundadores de la dinastía inca, conquistaron el valle del Cusco, se establecieron en el lugar donde se ubica el Qorikancha. Con el paso de los años, aquí fue construido el templo mayor del estado inca. Luego, el gran reformador del imperio, el Inca Pachakuteq, reconstruyó el santuario, cubriéndolo de oro y dotándolo de fabulosas riquezas.

En el año 1532, luego de la conquista española, se repartieron las tierras y edificios del Cusco, y a Juan Pizarro, hermano de Francisco Pizarro, le tocó el Qorikancha. Antes de su muerte, Juan Pizarro donó el Qorikancha a la Orden Orden Dominica. El Convento de Santo Domingo, fundado en 1534, fue el primer convento dominico en Perú.