El 1 de noviembre de 1926 se inauguró en San Isidro el convento, llamado también casa retiro, de la orden de los Misioneros Pasionistas de la Selva. A partir de ese momento se inició la construcción de la primera Iglesia de Nuestra Señora del Pilar, su nombre oficial, que se concluyó en 1937. En 1948 se inició la construcción de una nueva Iglesia, de estilo neocolonial, sobre la base de la primera. El altar mayor de la iglesia está decorado con un hermoso retablo colonial del siglo XVIII, donado por la familia De la Borda. Es un extraordinario trabajo de estilo barroco, en madera tallada, recubierto en pan de oro, de 15 metros de altura por 9,5 metros de ancho. Su amplia nave central le permite albergar a una numerosa cantidad de fieles y, por tradición, es utilizada por los vecinos de San Isidro para celebrar matrimonios y bautismos.