Es otro de los museos interesantes de Cusco, tanto por las colecciones que alberga como por el edificio donde está ubicado. La sede del museo es la que fuera la casa del Inca Garcilaso de la Vega Chimpo Ocllo, hijo del conquistador español Sebastián Garcilaso de la Vega y de una princesa real inca, la Palla Isabel Chimpu Ocllo, nieta de Tupac Yupanqui.
El Museo Histórico fue creado en 1946 y tuvo distintas sedes, hasta que en 1967 el Instituto Nacional de Cultura compró la casa del Inca Garcilaso. El museo cuenta con dos niveles y 13 salas, donde se exhibe la exposición permanente.
Cristo usado para las campañas de evangelización 
Comentarios reales de los Incas por Garcilazo de la Vega 
El puma, animal sagrado 
El bagre, pez sagrado 
Herramientas y armas 
Figurillas de diversos materiales 
Patio Interno 
Cuadros con altorelieves 
Escuela Cusqueña de pintura
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