Este edificio de arquitectura greco-romana data del año 1570, y tiene en su fachada seis imponentes columnas que dan la bienvenida al museo. Conserva colecciones de objetos y ambientes que durante el Virreinato fueron utilizados por el Tribunal de la Santa Inquisición de Lima, en donde se castigaban y torturaban a las personas declaradas culpables por crímenes religiosos; la misma fue abolida completamente en Perú en el año 1820.

El mismo inmueble durante la República fue sede de la Cámara de Senadores del Congreso de la República, por lo que sus salas cuentan la historia de ambas instituciones.