En el corazón del Centro Histórico de Key West se encuentra uno de los museos marítimos más fascinantes de Florida. Este museo permite conocer sobre las comunidades navales, pesqueras y comerciales que dieron forma a los Cayos de Florida desde el siglo XVII hasta la actualidad. En el antiguo Almacén de la Marina estadounidense se exhiben cuatro colecciones permanentes, que incluyen objetos recuperados de naufragios del siglo XVII y el tesoro del galeón español «Nuestra Señora de Atocha», hundido en 1622 frente a las costas de Florida y del «Santa Margarita», otra embarcación que sucumbió en la misma tormenta.

También se pueden conocer las historias detrás del comercio de esclavos en el Caribe mientras se visita el Henrietta Marie. Después de llevar esclavos africanos a las Indias Occidentales para ser vendidos como esclavos, el barco se hundió frente a las costas de Florida. Hoy se puede explorar lo que queda del naufragio y ver reliquias que fueron recuperadas del fondo del mar.