Descubiertas en 1951, estas criptas que sirvieron a miembros de asociaciones de fieles católicos, se consideran, junto a la iglesia, como patrimonio histórico del país. Su estilo es muy similar a las Catacumbas de París. El ingreso a las catacumbas se realiza desde la sala de portería, donde se destacan los azulejos del piso, las pinturas y las esculturas de santos. El guía de la visita cuenta muy bien el origen de los elementos arquitectónicos y religiosos, las labores regulares de los frailes franciscanos y las salas dentro del convento de San Francisco.

El recorrido por las catacumbas es subterráneo en su totalidad y dura aproximadamente 30 minutos. Durante el mismo se pueden admirar las bóvedas construidas con ladrillo, cal y canto, mientras que en la parte inferior se puede ver cómo eran acomodados los cuerpos para mejor distribución. Se estima que en su momento debió albergar al menos unas 25.000 personas. Es impresionante ver cómo se conservan algunos huesos como cráneos, tibias, fémures y peronés.